Двумя годами позже Шампольон совершил свою первую и последнюю поездку в Египет в составе совместной франко-тосканской миссии, в которой участвовал итальянский египтолог Ипполито Росселини, а также 12 художников, чертежников и архитекторов. Жану-Франсуа представилась прекрасная возможность собрать двуязычные надписи из египетских храмов и, конечно, исправить те надписи, которые были неточно скопированы тогда, когда чтение иероглифов представлялось не более чем далекой и нереальной мечтой. Высадившись в Александрии 18 августа 1828 г., миссия отправилась сначала в Каир, где впервые перед взором Шампольона предстали пирамиды. Далее миссия направилась на юг, 4 декабря достигла Асуана, а затем последовала в Нубию, чтобы посетить вырезанную в скале «Гробницу Рамессида». Неутомимый, полный энтузиазма Жан-Франсуа изложил в письме брату свои первые впечатления:
Один только Великий храм в Абу-Симбел стоит того, чтобы совершить путешествие в Нубию: такого великолепия не увидеть даже в Фивах. Размах проделанной работы поражает вооображение. Фасад украшен четырьмя огромными статуями не менее 61 фута высотой. Все четыре выполнены с отменным мастерством и изображают Рамсеса Великого: их лица в точности копируют изображения царя в Мемфисе, Фивах и во многих других местах. Вход в храм производит незабываемое впечатление; внутреннее убранство не уступает ему, но попасть в храм было нелегко. Когда мы прибыли, песок, который в Египте и Нубии засыпает все, что только возможно, перекрыл вход. Мы, насколько могли, убрали его, очистив небольшой проход. Я, почти что голый — в одной рубашке и хлопковых кальсонах – лег на живот и прополз в дверь, которая, если бы не песок, была бы по меньшей мере 25 футов в высоту. Я думал, что лезу в печь, а оказавшись в храме, обнаружил, что воздух там прогрелся до 42 градусов…. После двух с половиной часов, проведенных за осмотром великолепных рельефов, я понял, что мне просто необходимо глотнуть свежего воздуха, и пришлось пробираться обратно к выходу.
Наконец-то Жан-Франсуа жил жизнью настоящего археолога: жара, песок, мухи, расстройство желудка… Он от всей души наслаждался этим, однако его здоровье стало ухудшаться. Через 16 месяцев он, уставший, но довольный, вернулся во Францию, чтобы закончить свой «magnum opus» («большой труд»). свою «Grammaire egyptienne» («Грамматику египетского языка»). В марте 1831 г. исследователь получил должность профессора археологии во Французском колледже. На портрете, написанном в 1823 г., он изображен крепким, погруженным в размышления мужчиной с копной черных кудрявых волос. Увы, внешность порой обманчива. 4 марта 1832 г. Жан-Франсуа, в возрасте всего 41 г., страдал от туберкулеза, диабета, подагры, паралича, болезней почек и печени и умер от апоплексического удара. Жаку-Жозефу пришлось закончить и посмертно опубликовать в 1836 г. его «Grammaire egyptienne».
Основы были заложены, но впереди ждало еще много работы, а труды Шампольона признавали не все. Вооружившись его системой, Карлу Ричарду Лепсиусу, блестящему немецкому ученому и математику, удалось пойти дальше в изучении египетского языка и доказать, что Жан-Франсуа Шампольон был прав. В 1842 г. Лепсиус возглавил прусскую экспедицию в Египет и Нубию, спонсируемую Фридрихом Вильгельмом IV, и потратил три года на изучение, снятие копий, раскопки и сбор древностей, включая, к сожалению, колонну, которую с помощью динамита достали из гробницы Сети I. Результаты этой экспедиции он впоследствии опубликовал в «Denkmaler aus Aegypten und Aetheopien» («Памятники Египта и Эфиопии»), 12-томном германском ответе «Описанию», которым египтологи пользуются и по сей день.